A film fő cselekménye Fudo Yusei idejében, Neo Dominóban kezdődik, ahol is feltűnik a színen egy titokzatos álarcos párbajozó, Paradox, aki ellopja Yusei kedvenc kártyáját, a Csillagpor Sárkányt. Ezt követően a város pusztulásnak indul. Yusei, hogy megmentse a városát és szeretteit, valamint… [tovább]
A film fő cselekménye Fudo Yusei idejében, Neo Dominóban kezdődik, ahol is feltűnik a színen egy titokzatos álarcos párbajozó, Paradox, aki ellopja Yusei kedvenc kártyáját, a Csillagpor Sárkányt. Ezt követően a város pusztulásnak indul. Yusei, hogy megmentse a városát és szeretteit, valamint hogy visszaszerezze a tőle ellopott kártyát, üldözőbe veszi a Karmazsin Sárkány útmutatásával Paradoxot, aki az idősíkok között közlekedik egy óriási D-Wheellel.
A Karmazsin Sárkány visszajuttatja Yuseit az időben, ahol találkozik Yuki Judai-jal. Judai éppen Paradox ellen vív elkeseredett harcot, de amikor Yusei feltűnik a színen, Paradox elmenekül. Judai és Yusei ezután elindul, hogy megkeressék Muto Yugit. Yugi idejében Paradox éppen egy merényletet követ el a Párbajkártya szülőatyja, Pegazus ellen, mégpedig valódi párbajszörnyekkel. A merényletben életét veszti többek között a célpont, Pegazus, valamint Yugi nagyapja is. Ekkor jelenik meg Judai és Yusei és visszaviszik Yugit a nagyjából 30 perccel azelőtti idősíkra, majd szövetséget kötnek, hogy megállítsák közös ellenségüket és megmentsék a jövőt. [bezár]