Főhősünk Kazuki már az első részben meghal, aztán hirtelen az ágyában találja magát. Másnap az iskolában megtámadja egy szörnyeteg. Egy lány tűnik fel és megmenti az életét valami különös fegyverrel. A furcsa lány elmondja Kazukinak, hogy valóban meghalt, és hogy ő adta vissza az életét az egyik Alkímiai fegyverrel. (Ezek tulajdonképpen hatszögletű kis fémtárgyak, amik a tulajdonosuk erejét felhasználva fegyverré alakulnak át.) Megjelenik Kazuki húga és a szörnyeteg megeszi őt, illetve csak lenyeli. A fiú bedühödik, és ekkor ereje működésbe lép. Fegyvere egy hatalmas kard lesz és könnyedén legyőzi ellenfelét, így húga megmenekül. Később megtudja, hogy ami megtámadta őket, az egy Homunculus volt. (Olyan lények, melyeket emberekből készítenek különböző állati DNS segítségével.)
A fiú elhatározza, hogy mindenkit meg akar óvni ezektől a lényektől, mivel a Homunculus emberekkel táplálkozik. Így a lány Tokiko társa lesz. Kemény edz és gyakorol, hogy segíthessen a lánynak, mivel ő egy úgynevezett „Alchemy Warrior”, Alkimista Harcos. A városban egyre több a Homunculus és lassan már minden sarkon ellenségbe botlunk. Felfedezünk állat-emberi és ember-emberi Homunculusokat. Mégis mi a pokol folyik ebbe a városban!? Megtudod, ha belekukkantasz.
Az anime hangulata nagyon jó és a karakterek is jól kidolgozottak, a történet pedig egyszerre komoly és szórakoztató is. Opening és ending, na ezeket nem hagyhatjuk el. Az openingje egyszerűen fenomenális és az ending is szuper lett. A történet néhol komoly, és van hogy a harc közepén átvált humorba, szóval eléggé sok benne az ilyen fura rész. Ha megnézed az első részt, utána már nem szabadulsz, a többi csak jön magától.
